¿De qué está compuesta la microbiota intestinal?
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¿De qué está compuesta la microbiota intestinal?

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¿De qué se compone la microbiota intestinal ? Es un ecosistema complejo que comprende bacterias, virus, hongos, arqueas y protozoos que colonizan todo el tracto digestivo.

Según Inserm ( ) [ 10¹⁴1 microorganismos ], la microbiota intestinal humana alberga aproximadamente , lo que representa diez veces más células microbianas que células humanas en el cuerpo. Esta comunidad pesa entre 1,5 y 2 kilogramos en adultos.

  • Hasta la fecha se han identificado más de 1.000 especies bacterianas diferentes
  • Los virus (el viroma) se encuentran en cantidades aún mayores que las bacterias
  • Hongos microscópicos (el micobioma)
  • Arqueas, microorganismos primitivos distintos de las bacterias
  • Protozoos no patógenos y parásitos comensales
🎯 En resumen: La microbiota intestinal está compuesta principalmente por bacterias (99% de la biomasa), complementadas por virus, hongos, arqueas y protozoos. Contiene más de 1000 especies bacterianas, formando un genoma colectivo —el metagenoma— 150 veces más rico que el genoma humano. Dos filos principales predominan: Firmicutes y Bacteroidetes.

¿Qué es exactamente la microbiota intestinal?

El término "microbiota intestinal" se refiere a todos los microorganismos que viven en simbiosis en el tracto digestivo. Reemplaza el término anterior "flora intestinal", que se consideraba impreciso porque los microorganismos no son plantas.

Cada individuo posee una composición única, comparable a una huella microbiana. Esta singularidad está influenciada por la genética, el tipo de parto, la lactancia materna, la dieta y el entorno.

ElInstituto Pasteur () [2] describe este ecosistema como "de increíble riqueza", con una organización en gradientes de densidad que van desde el estómago (casi estéril) hasta el colon (el más poblado).

Bacterias: el corazón de la composición microbiótica

Las bacterias representan el 99% de la biomasa de la microbiota intestinal y constituyen su componente más estudiado. Se dividen en varios grandes grupos taxonómicos llamados filos.

Los dos filos dominantes

  • Firmicutes (40-60% de las bacterias): incluyen Lactobacillus, Clostridium y Faecalibacterium prausnitzii.
  • Bacteroidetes (20-40%): dominado por los géneros Bacteroides y Prevotella.

Filos minoritarios pero esenciales

  • Actinobacterias : en particular Bifidobacterium, las estrellas de los probióticos.
  • Proteobacterias : un filo que conviene vigilar, ya que su aumento suele ser señal de disbiosis.
  • Verrucomicrobia : Akkermansia muciniphila, guardián de la barrera intestinal

Un estudio publicado en la revista Nature () [3] demostró que la proporción Firmicutes/Bacteroidetes es un marcador clave de la salud metabólica. Un desequilibrio en esta proporción se asocia con la obesidad y la diabetes tipo 2.

Para obtener más información sobre la función de estas bacterias, consulte nuestra guía sobre para qué sirve la microbiota intestinal.

El viroma intestinal: miles de millones de virus desconocidos

El viroma intestinal es el componente menos conocido de nuestro ecosistema digestivo. Sin embargo, comprende decenas de miles de especies virales diferentes.

La mayoría de estos virus son bacteriófagos , virus que infectan y regulan las poblaciones bacterianas. Desempeñan un papel invisible y fundamental en el equilibrio microbiano.

  • Los fagos caudovirales son los más abundantes.
  • Los virus eucariotas (como los anelovirus) coexisten sin causar enfermedades
  • El viroma varía enormemente dependiendo de la dieta y del estado inmunológico

Investigadores del EMBLhan identificado más de 140.000 especies virales en el intestino humano, la mitad de las cuales eran desconocidas antes de [3].

El micobioma: los hongos del intestino

Los hongos microscópicos conforman el micobioma intestinal. Si bien son minoritarios, ejercen una influencia significativa en la inmunidad y la digestión.

Los géneros más representados son:

  • Candida (especialmente C. albicans): presente en casi todos los adultos sanos.
  • Saccharomyces : una levadura involucrada en la fermentación de azúcares.
  • Aspergillus y Penicillium : presentes en pequeñas cantidades
  • Malassezia : un hongo de la piel que también se encuentra en el intestino.

La proliferación anormal de Candida (candidiasis intestinal) es un signo de alerta frecuente en la disbiosis, particularmente después de un tratamiento antibiótico prolongado.

Arqueas: Microorganismos primitivos esenciales

Las arqueas suelen pasarse por alto en las descripciones de la microbiota intestinal, a pesar de que desempeñan un papel metabólico único. Son microorganismos unicelulares distintos de las bacterias y los eucariotas.

La especie dominante en los humanos es Methanobrevibacter smithii. Produce metano (CH₄) utilizando hidrógeno generado por fermentación bacteriana, lo que optimiza la extracción de energía de la fibra dietética.

  • Las arqueas representan entre el 1 y el 3% de los microorganismos intestinales
  • Su densidad aumenta con la edad
  • La deficiencia de arqueas se asocia con ciertas formas de estreñimiento

Protozoos: comensales discretos

Los protozoos son organismos eucariotas unicelulares que se encuentran en pequeñas cantidades en un intestino sano. Los más comunes son Blastocystis hominis y Dientamoeba fragilis.

Su función exacta sigue siendo objeto de debate en la literatura científica. Algunos estudios sugieren que participan en la regulación inmunitaria local, mientras que otros las asocian con trastornos digestivos funcionales.

Distribución anatómica: ¿dónde viven estos microorganismos?

La densidad microbiana varía considerablemente según la región del tracto digestivo. Esta distribución está directamente relacionada con el pH, la presencia de oxígeno y la velocidad de tránsito intestinal.

Segmento digestivo Densidad microbiana Microorganismos dominantes
Estómago 10¹–10³ UFC/mL Helicobacter pylori, lactobacilos
Intestino delgado proximal 10³–10⁴ UFC/mL Lactobacilos, estreptococos
intestino delgado distal 10⁷–10⁸ UFC/mL Bacteroides, enterococos
Colon 10⁹⁰–10¹² UFC/mL Firmicutes, Bacteroidetes, Bifidobacterium

El colon es, con diferencia, el segmento más poblado. Concentra más del 70 % de todos los microorganismos del cuerpo humano. Nuestro artículo "¿Dónde se localiza la microbiota intestinal?" detalla esta distribución anatómica.

El metagenoma: el genoma colectivo de la microbiota

El conjunto completo de genes que portan los microorganismos intestinales forma el metagenoma. Este patrimonio genético colectivo es 150 veces más rico que el genoma humano.

El MetaHIT () [4], coordinado por INRAE,catalogó más de 3,3 millones de genes microbianos distintos en el intestino humano. Este catálogo nos permite comprender las funciones metabólicas colectivas de la microbiota.

  • Síntesis de vitaminas (B12, K2, folatos)
  • Fermentación de fibras en AGCC (butirato, propionato, acetato)
  • Degradación de xenobióticos (medicamentos, contaminantes)
  • Modulación de la respuesta inmune
  • Producción de neurotransmisores (serotonina, GABA)

6 factores que modifican la composición de la microbiota

La composición de la microbiota intestinal no es fija. Está en constante evolución bajo la influencia de múltiples factores internos y externos.

  1. Dieta : una dieta rica en fibra promueve las bacterias productoras de butirato.
  2. Antibióticos : pueden eliminar hasta el 30% de las especies bacterianas en un solo ciclo de tratamiento.
  3. Estrés crónico : altera la permeabilidad intestinal y la composición bacteriana a través del eje intestino-cerebro.
  4. Edad : la diversidad microbiana disminuye después de los 65 años.
  5. Modo de parto : Los bebés nacidos por parto vaginal heredan la microbiota vaginal de la madre.
  6. Actividad física : los atletas presentan una mayor diversidad microbiana.

Muchos lectores informan que su microbiota intestinal ha mejorado significativamente después de incorporar alimentos fermentados a su dieta diaria. Esta observación coincide con los datos publicados por la ANSESsobre los efectos de los prebióticos [5].

Descubre cómo la dieta influye directamente en tu flora intestinal en nuestra guía sobre la microbiota intestinal y la alimentación.

Disbiosis: cuando la composición se desequilibra

La disbiosis se produce cuando la composición de la microbiota intestinal se altera en detrimento de las especies beneficiosas. Está asociada a numerosas patologías.

  • Enfermedades inflamatorias intestinales crónicas (EII)
  • Síndrome del intestino irritable (SII)
  • Obesidad y resistencia a la insulina
  • Trastornos de ansiedad y depresión (a través del eje intestino-cerebro)
  • Enfermedades autoinmunes (artritis reumatoide, esclerosis múltiple)
  • Alergias y eccema atópico

Una revisión publicada en Cell Host & Microbe () [3] confirma que la pérdida de diversidad microbiana es el primer marcador de disbiosis, incluso antes de la aparición de síntomas clínicos.

Probióticos y prebióticos: nutriendo y restaurando la microbiota

Los probióticos introducen bacterias beneficiosas, mientras que los prebióticos nutren las que ya están presentes.

Fuentes alimentarias de probióticos

  • Yogur y kéfir (ricos en Lactobacillus y Bifidobacterium)
  • Chucrut y kimchi (fermentación láctica)
  • Miso y tempeh (soja fermentada)
  • Kombucha (té fermentado)

Fuentes alimentarias de prebióticos

  • Ajo, cebolla, puerro (ricos en inulina)
  • Plátano verde (almidón resistente)
  • Espárragos y alcachofas (fructooligosacáridos)
  • Psyllium rubio (fibras solubles fermentables)

Nuestra guía completa sobre los probióticos y su papel en la salud intestinal le ayudará a elegir el suplemento adecuado para su situación.

Suplementos dietéticos dirigidos a la microbiota intestinal

El mercado de suplementos para la salud intestinal ha experimentado un auge en los últimos años. Sin embargo, no todos los suplementos son iguales. A continuación, te presentamos los criterios a considerar al elegir uno.

  • Número de cepas : se recomiendan fórmulas con múltiples cepas (mínimo 5 especies).
  • Concentración : al menos 10 mil millones de UFCpor dosis
  • Resistencia gástrica : las cápsulas gastrorresistentes soportan mejor la acidez.
  • Combinación de prebióticos : las fórmulas simbióticas (probiótico + prebiótico) son más efectivas.

Para una selección detallada, consulte nuestra guía de suplementos dietéticos para la microbiota intestinal.

El eje intestino-cerebro: la microbiota influye en tu estado de ánimo

La microbiota intestinal se comunica constantemente con el cerebro a través del nervio vago, el sistema inmunitario y los neurotransmisores. Este eje bidireccional se denominaeje intestino-cerebro-microbiota.

Aproximadamente el 95 % de la serotonina del cuerpo se produce en el intestino, en parte bajo la influencia de las bacterias intestinales. Por lo tanto, una microbiota intestinal deficiente puede contribuir a trastornos del estado de ánimo, ansiedad y problemas de sueño.

  • Lactobacillus rhamnosus reduce los comportamientos ansiosos en modelos animales.
  • Bifidobacterium longum modula la respuesta al estrés crónico.
  • Los AGCC (butirato) protegen la barrera hematoencefálica

Microbiota e inmunidad: el 70% de las defensas inmunitarias se encuentran en el intestino

Aproximadamente el 70% de las células inmunitarias del cuerpo residen en la mucosa intestinal. La microbiota intestinal desempeña un papel fundamental en su desarrollo y activación.

Desde el nacimiento, los microorganismos intestinales enseñan al sistema inmunitario a distinguir lo propio de lo ajeno. Este proceso es fundamental para prevenir enfermedades autoinmunes y alergias.

Para reforzar tu sistema inmunitario de forma natural, nuestro artículo sobre la microbiota intestinal probiótica presenta las estrategias mejor documentadas.

¿Cómo evaluar la composición de tu microbiota?

En Francia ya están disponibles las pruebas de secuenciación de la microbiota. Estas pruebas analizan elADN de los microorganismos presentes en una muestra de heces.

  • Secuenciación del ARNr 16S : identifica géneros bacterianos (análisis estándar)
  • Metagenómica de escopeta : análisis integral que incluye virus, hongos y arqueas.
  • Análisis de metabolitos : mide los ácidos grasos de cadena corta (AGCC) y otras moléculas producidas por la microbiota.

Estas pruebas no están cubiertas por el seguro médico y su interpretación requiere la asistencia de un profesional sanitario especializado.

📌 Puntos clave a recordar sobre la composición de la microbiota intestinal
  • La microbiota intestinal está compuesta por bacterias (predominantes), virus, hongos, arqueas y protozoos.
  • Coexisten más de 1.000 especies bacterianas, con dos filos dominantes: Firmicutes y Bacteroidetes.
  • El viroma (bacteriófagos) regula las poblaciones bacterianas y aún se desconoce en gran medida.
  • La composición de la microbiota intestinal es única para cada individuo y evoluciona a lo largo de la vida.
  • La dieta, los antibióticos y el estrés son los principales factores que alteran este ecosistema.

Preguntas frecuentes sobre la composición de la microbiota intestinal

¿Cuál es la diferencia entre microbiota y flora intestinal?

Ambos términos se refieren a lo mismo. "Flora intestinal" es el término antiguo, reemplazado por "microbiota intestinal" desde la década de 2000. El término "flora" era impreciso porque evocaba el reino vegetal.

¿Cuántas bacterias viven en el intestino humano?

El intestino humano alberga aproximadamente10¹⁴ bacterias, o 100 billones. Esta cifra es comparable, o incluso ligeramente superior, al número total de células humanas en el cuerpo.

¿Cuál es la composición de la microbiota intestinal de un recién nacido?

Al nacer, el intestino es prácticamente estéril. La colonización comienza durante el parto (microbiota vaginal y fecal materna) y continúa durante la lactancia. La microbiota se estabiliza alrededor de los 3 años.

¿Los virus forman parte realmente de la microbiota intestinal?

Sí. El viroma intestinal, compuesto principalmente por bacteriófagos, es un componente integral de la microbiota. Regula las poblaciones bacterianas y desempeña una función inmunológica que aún no se comprende del todo.

¿Se puede mejorar la composición de la microbiota intestinal?

Sí. Una dieta rica en fibra diversa, el consumo de alimentos fermentados, la reducción del estrés y la actividad física regular son los factores mejor documentados por la investigación.

¿De qué se compone la microbiota intestinal en términos de hongos?

El micobioma intestinal está dominado por los géneros Candida, Saccharomyces y Aspergillus. Aunque presentes en menor cantidad, estos hongos interactúan significativamente con las bacterias y el sistema inmunitario.

¿Qué es la disbiosis intestinal?

La disbiosis es un desequilibrio en la composición de la microbiota, caracterizado por una reducción de la diversidad microbiana y una proliferación de especies potencialmente patógenas. Se asocia con numerosas enfermedades crónicas.

¿Son las arqueas peligrosas para la salud?

No. Las arqueas presentes en el intestino humano, en particular Methanobrevibacter smithii, son comensales beneficiosas. Optimizan la fermentación de la fibra y no son patógenas en individuos inmunocompetentes.

¿Cómo afectan los antibióticos a la composición de la microbiota?

Los antibióticos pueden eliminar hasta el 30 % de las especies bacterianas intestinales en un tratamiento estándar. La recuperación completa puede tardar desde varias semanas hasta varios meses, e incluso puede ser incompleta para algunas especies.

¿Cuál es el papel de Bifidobacterium en la microbiota?

Las bifidobacterias son bacterias del filo Actinobacteria, especialmente abundantes en los lactantes. Fermentan las fibras, producen vitaminas del grupo B y fortalecen la barrera intestinal.

¿Cuál es la composición de la microbiota intestinal en las personas mayores?

Con la edad, la diversidad microbiana disminuye. Las bifidobacterias retroceden, mientras que las proteobacterias (marcadores de inflamación) aumentan. Este cambio se asocia con la inmunosenescencia y los trastornos metabólicos.

¿Es posible trasplantar una microbiota intestinal sana?

Sí. TMF de infecciones por Clostridioides difficile. Se están realizando ensayos clínicos para explorar su uso en otras afecciones.

Conclusiones clave

Comprender de qué está compuesta la microbiota intestinal significa darse cuenta de que nuestro intestino alberga un ecosistema extraordinariamente complejo: bacterias, virus, hongos, arqueas y protozoos coexisten en un equilibrio dinámico para mantener nuestra salud digestiva, inmunológica y neurológica.

La composición de la microbiota intestinal es única para cada individuo y cambia a lo largo de la vida bajo la influencia de la dieta, el estilo de vida y el entorno. Preservar su diversidad es una de las inversiones más rentables para la salud a largo plazo.

Acción concreta: A partir de hoy, incorpora 30 alimentos vegetales diferentes a tu dieta semanal: verduras, frutas, legumbres, cereales integrales y hierbas. Esta es la recomendación del American Gut Project para maximizar la diversidad de la microbiota intestinal.

Fuentes y estudios

  1. Microbiota intestinal (flora intestinal) — Inserm,
  2. Microbiota intestinal: un ecosistema increíblemente rico — Instituto Pasteur,
  3. Diversidad y composición del microbioma intestinal en la salud y la enfermedad — Cell Host & Microbe,
  4. Un catálogo de genes microbianos del intestino humano establecido mediante secuenciación metagenómica — Nature,
  5. Fibra dietética y microbiota intestinal — ANSES,

📝 El equipo de GreenWellPath : escritores especializados en nutrición natural y salud digestiva.

✅ Verificado por el equipo editorial de GreenWellPath

Actualizado el 22 de septiembre de 2026

Este artículo se proporciona únicamente con fines informativos y no constituye asesoramiento médico. Consulte a un profesional de la salud cualificado antes de su uso.